W Macedonii dominującą religią jest chrześcijaństwo prawosławne. Około 67% mieszkańców deklaruje właśnie taką przynależność wyznaniową, aczkolwiek trudno jednoznacznie stwierdzić ilu z nich jest praktykujących lub często i czynnie biorących udział w życiu cerkiewnym. Główną instytucją duchową, wokół której skupia się największa liczba macedońskich prawosławnych jest Macedońska Cerkiew Prawosławna (Македонска Православна Црква), na czele której stoi Jego Eminencja Arcybiskup Ochrydzki i Macedoński Stefan (Негово Блаженство Архиепископ Охридски и Македонски Господин Господин Стефан), a organem najwyższym jest Synod (Светиот Архиерејски Синод), w skład którego wchodzi 9 metropolitów oraz 1 wikariusz biskupski. W ramach MCP egzystuje 10 diecezji (епархии), w tym 7 znajduje się na terytorium Republiki Macedonii, a 3 są poza krajem (w Europie, Stanach Zjędnoczonych Ameryki i Kanady oraz w Australii, tam gdzie są największe skupiska macedońskich emigrantów). Służbę w około 2.000 macedońskich cerkwi odprawia ponad 600 aktywnych księży, a w ponad 20 klasztorów kontempluje i żyje w bractwach ponad 100 mnichów i mniszek.
Więcej o strukturze i funkcjonowaniu MCP na stronie: http://www.mpc.org.mk/
Drugą największą grupą wyznaniową w Macedonii to islam. Twierdzi się, że około 27% wyznawców islamu żyje na terytorium Macedonii, najwięcej jest Albańczyków, znacznie mniej jest Turków, Bośniaków i inne wspólnoty uprawiające to wyznanie, m.in. Macedończycy-Muzułmanie, dawniej ortodoksyjni Macedończycy, którzy podczas panowania Imperium Osmańskiego, głównie w XVIII i XIX wieku, przeszli na islam. Natomiast, z nimi sytuacja jest o tyle interesująca, że pomimo tego iż są Muzułmanami, oni jednak posługują się językiem macedońskim. Muzułmanie w Macedonii zorganizowani są w Islamskiej Wspólnocie Wyznaniowej (mac. Исламска верска заедница, tur. M.C. İslam Birliği, alb. Bashkësia Fetare Islame e Maqedonisë), na czele której stoi Reis-ul-Ululemasë h. Sulejman ef. Rexhepi (Реис Улулема ефенди Сулејман Реџепи).
Więcej o strukturze i funkcjonowaniu tej wspólnoty na: http://www.islamska-zaednica.com (po macedońsku) oraz http://www.bim.org.mk/ (po albańsku).
Inne grupy wyznaniowe:
Protestanci (Протестанти), więcej na: http://www.emc-umc.org.mk/ oraz na:
Katolicy (Католици), więcej na:
http://www.worldconferenceohrid.kultura.gov.mk/index.php?option=com_content&view=article&id=79%3A2009-12-24-16-54-33&catid=44%3A2009-12-24-16-53-00&Itemid=46&lang=mk oraz na: http://tolerancijadijalogsorabotka.mk/index.php?option=com_content&view=article&id=146&Itemid=69&lang=mk
Żydzi (Евреи), więcej na: http://www.ezrm.org.mk/
O różnych mniejszych grupach wyznaniowych (m.in. Adwentyści Siódmego Dnia, Baptyści, Świadkowie Jehowy, Bekteszowie, itp.), więcej na: http://kovz.gov.mk/?ItemID=6C92209AA0BBD24FBC1D528C410EFF92
Nad całą różnorodną wspólnotą religijną Macedonii czuwa specjalny organ rządowy pod nazwą Komisja ds. stosunków ze wspólnotami wyznaniowymi oraz innych grup religijnych (Комисија за односи со верските заедници и религиозни групи), na czele której stoi Pani Valentina Bożinovska, a w skład samej Komisji wchodzą przedstawiciele wszystkich najważniejszych grup wyznaniowych Macedonii, co świadczy o dobrze zorganizowanym życiu w zakresie stosunków między wspólnotami wyznaniowymi a władzą państwową.